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一般食品
健康食品には、エビデンズ（科学的根拠）のないものや、エビデンスが不十分なものも多数存在し、また逆にエビデンズがあっても保健機能食品でなければ、表示すれば薬事法違反となるため表示できないとされています。このため、効能を連想させるような曖昧な表現にならざるを得ないというのも大いにあり、チラシや刊行物でも効能効果の表示が許されていません。
健康食品において謳われる利用効能などは、行政による公的な検証（確認）を経ていないため、商品の信頼性は消費者側が客観的に評価、検証することにならざるを得ないのです。
この件に関しては、2005年「いわゆる健康食品の摂取量及び摂取方法等の表示に関する指針について」（平成17年2月28日食安発第0228001号）で表示の指針があります。
１.健康食品の1日当たりの摂取目安量
２.通常の形態及び方法によって摂取されないものにあっては、摂取の方法
３.摂取をする上での注意事項
４.バランスの取れた食生活の普及啓発する文面「食生活は、主食、主菜、副菜を基本に、食事のバランスを」の記載
日本における生薬の取り扱い
日本では漢方などで用いられる在来の生薬の一部が医薬品として認められているが、主には西洋ハーブ（生薬）が健康食品として流通している。
また、西洋ハーブは、アメリカではサプリメントとしてEUではよく医薬品（ハーバルメディスン）として流通していたが、日本ではアメリカの外圧によって1998年のハーブ類の形態に関する規制緩和をしたために、健康食品として流通・販売できることとなりました。
2004年6月24日、「一般用医薬品としての生薬製剤（西洋ハーブを含む）の審査のあり方に関する検討会」で、こうした西洋ハーブに関して厚生労働省でも検討会を開き、以下のような意見が寄せられました。
・薬効があり注意を要するものがあるが、食品であるため表示ができない。
・ダイレクトOTCとして合成医薬品のレベルでしか審査が受けられないが、これは承認されるのが難しい。
さらに日本とEU諸国では承認制度が違い、EU諸国ではこうした既存の生薬は動物実験で安全性を確認するだけでいいのに対し、日本では高額な費用と数年以上の期間を必要とする通常の治験が必要とされる。（詳しくは、「治験」の項目を参照）生薬は特許がとれないため事業者は採算が取れないことから治験が行われませんでした。
尚、この検討会は2回目は開かれませんでした。
2007年3月22日に、厚生労働省医薬食品局審査管理課は、日本で承認が難しく健康食品として流通していた西洋ハーブなどの生薬については海外のデータの利用を承認し、今後は医薬品の承認申請の負担が軽減されることとなりました。
2007年7月以降には「健康食品の安全性確保に関する検討会」が行われました。
保健機能食品
保健機能食品は、健康食品のうち安全性や有効性等が国の設定した一定の基準を満たした食品である。 健康食品の品質を見極める時、評価基準の一つとすることが出来る。
健康増進法及び食品衛生法により定義され、特定保健用食品と栄養機能食品の2つに分けられる。
特定保健用食品
実験データに基づいて審査を受け、健康に対する効能効果を表示することを厚生労働省から認可された食品である。通称「トクホ」「特保」。特別用途食品に含まれる。
1991年に導入された制度だが、認知度が低かったため、日本政府がヤクルト本社にトクホを取得するように提案し、1998年以降にトクホに許可されました。
個別許可型
商品ごとに個別に実験データを提出し審査を受け許可される必要があります。
主な形態としては、通常の飲食物（ヨーグルト、乳酸菌飲料、納豆、お茶など）や調味料（オリゴ糖など）、食用油などの形態をしたものが多く、錠剤やカプセル、粉末状の物は少数です。
許可された成分と表示内容の例
キシリトール - 「虫歯の原因になりにくい食品です」
ラクトトリペプチド - 「血圧が高めの方に適する食品です」
ジアシルグリセロール - 「体脂肪が体につきにくい食品です」
規格基準型
特定保健用食品許可実績が十分であり、科学的根拠が蓄積されている一定の基準を満たしている食品（成分）に関しては、国が規格基準を定めたうえで、個別審査なしで許可をうけることができます。
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